合同约定：预付款保函是为保障基础交易合同中预付款的而设立的，合同双方可根据交易的具体安排和需求，在合同中约定预付款保函的期限。比如在大型设备采购合同中，双方可根据设备生产周期、运输时间等因素，协商确定预付款保函的期限。
交易情况变化：若基础交易因不可抗力、市场变化等因素导致预付款使用周期改变，双方可协商调整保函期限。如在工程建设中，因自然灾害导致工程延期，预付款使用时间延长，双方可协商延长保函期限。
项目进度调整：若项目提前或推迟完成，预付款的返还或抵扣时间也会相应变化，此时可协商调整保函期限。如项目提前完工，预付款提前抵扣完毕，可协商提前终止保函期限。
从法律规定角度看
只要预付款保函期限的约定是在法律法规允许的范围内，且是合同双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等违法违规情形，那么保函期限超过预付款使用期限是合法有效的，受到法律的保护。我国《民法典》等相关法律法规尊重当事人的意思自治，允许合同双方根据实际情况协商确定保函期限等条款。